1、光學系統的安裝  

    對新購或已經卸掉光學系統的顯微鏡，使用前必須先將生物顯微鏡安裝起來。安裝時，為了防止向下掉灰塵，應按照先上后下的順序，即按照目鏡、物鏡、聚光鏡、反射鏡的順序來安裝。箭頭所示為光學元件的安裝位置。  

    安裝物鏡時，應先將鏡筒升高或載波物臺下降，使轉換器與載物臺之間保持一定的距離。然后，握往物鏡，把它放入轉換器的螺絲口處，先略向反時針方向旋轉，待物鏡配上絲紋后，再按順時針方向旋入，旋至中等程度松緊即可。安裝物鏡時，應根據物鏡的放大倍數，從小到大順時針安裝。轉換物鏡時，不要用手推著物鏡旋轉，那樣會使物鏡的光軸歪斜。用手捏著轉換器的轉動盤旋轉，或用手扶著與物鏡轉換器銜接處的滾花外圓旋轉。  

    目鏡和物鏡裝好后，再將聚光鏡插入載物臺下面的聚光器支架內。插入的高度應使聚光器升至zui高時，聚光鏡上透鏡的端面稍低于載物臺的平面，以免載玻片與聚光器的鏡頭相碰。然后，將聚光器的固定螺絲旋緊。對非電光源的生物顯微鏡來說，zui后要把反射鏡插入聚光器下面的插孔內。  

2、校正光軸  

    校正光軸的意義在于使物鏡、目鏡、聚光鏡的主光軸和可變光欄的中心點重合在一條直線上。所以又叫做合軸調節或中心調節。如果光軸歪斜，會使像差增大，分辨率和清晰度都要下降。  

    檢查方法是將可變光欄開至zui大，把低倍物鏡旋入光軸，降低鏡筒，使物鏡與載物臺之間的距離小于該物鏡的工作距離（５mm以下）。不放標本，調節反射鏡的角度，使視場zui亮；或調節光源燈的亮度，使視場明暗合適。  

然后，拔掉目鏡，直接從鏡筒中觀察。一邊把可變光欄慢慢縮小或打開數次，當光欄關至zui小時，光欄的像（此時 只有一點點）應正好落在物鏡通光孔的中心。當光欄開大到一定程度時，光欄孔的像應正好與物鏡通光孔的黑圈相重合。若符合上述兩個條件，說明它們“合軸”。否則，就需要調整。  

    目鏡和物鏡都是固定的，無法進行調整。合軸調節主要是調整聚光鏡的位置。有些生物顯微鏡聚光器支架兩旁有兩個光軸校正螺絲，調節這兩個螺絲，即可合軸。另一種聚光器是由框架上三個相隔120°的螺絲支持住，其中一個裝有彈簧，可以伸縮；另外兩個螺絲，可以旋動。調整這兩個螺絲，便可合軸。  

    生物顯微鏡的光軸校正好后，如果沒有拆下聚光器或其它特殊原因，不必經常校正。  

3、準備好標本  

    準備好高質量的標本備用。